免疫接种是禽病综合预防措施中的重要一环，但在生产实际中，接种疫苗后未能获得预期效果的情况时有发生，原因是多方面的。
（一）疫苗质量不佳 疫苗质量不符合标准，如病毒或细菌的含量不足、冻干或密封不佳、油乳剂疫苗油水分层、氢氧化铝佐剂颗粒过粗；疫苗在运输或保管过程中因温度过高或反复冻融减效或失效，油佐剂疫苗被冻结或疫苗已超过有效期等。
（二）疫苗选择不当 疾病诊断不准确，接种的疫苗与发生的疾病或血清型不对应。
（三）免疫程序 在制订免疫程序时对诸多有关的因素考虑不周，以致达不到预期的免疫效果。例如，未注意到疾病的龄期敏感性、疾病的流行季节、本场疾病威胁、家禽品种或品系之间的差异、母源抗体的影响、疫苗的联合使用或重复使用的影响、其他人为的因素、地理环境和气候条件的影响等。
（四）疫苗稀释失误 稀释液不当，例如马立克氏病疫苗没有使用指定的特殊稀释液稀释；饮水免疫时仅用自来水稀释而没有加脱脂乳，或用一般井水稀释疫苗以致其酸碱度及离子对疫苗产生较大的影响；有时由于操作人员粗心大意造成稀释液量的计算或称量差错，致使稀释液量偏大；在直射阳光下或风沙较大的环境下稀释疫苗。对于一些需用液氮罐低温保存的疫苗，如不严格按规程稀释，疫苗的质量很易受到严重的破坏。从稀释后到免疫接种之间的时间太长，例如有些鸡场一次需要接种几千甚至几万只鸡，接种前将几十瓶甚至上百瓶疫苗一次稀释完，置于常温下不断使用，这样越往后用的疫苗，效价就越低，尤其是在稀释液质量不好或环境温度偏高的情况下，效果更差。在稀释液中加入抗生素或其他化学药物，例如庆大霉素、链霉素等，这些药物对疫苗病毒虽无直接杀灭作用，但当浓度较高时，随着pH值、离子浓度、渗透压的改变，对疫苗中的病毒也会有不良影响。
（五）接种途径选择不当 每一种疫苗均有其最佳接种途径，如随便改变可能会影响免疫效果，例如当鸡新城疫Ⅰ系疫苗用饮水免疫、传染性喉气管炎疫苗用饮水或者肌注免疫时，效果都较差。
（六）免疫接种时的错漏 采用饮水免疫时饮水的质量、数量、饮水器的分布、饮水器卫生不符合标准。在气雾免疫时气雾的雾滴大小、喷雾的高度或速度不恰当，以及环境、气流不符合标准等。滴眼、滴鼻免疫不正确操作，有时在疫苗滴尚未进入眼内或鼻内，就将鸡放回地面，因而就没有足够的疫苗液进入眼内或鼻内。注射的部位不当或针头太粗，当针头拔出后疫苗液即倒流出来；或针头刺在皮肤之外，疫苗液喷射出体外；或将疫苗液射入胸腔、腹腔内；或连续注射器的定量控制失灵，使注射量不足等。
（七）多种疫苗之间的干扰作用 严格地说，多种疫苗同时使用或在相近时间接种时，疫苗病毒之间都可能会产生干扰作用。例如，传染性支气管炎疫苗病毒对鸡新城疫疫苗病毒的干扰作用，使鸡新城疫疫苗的免疫效果受到影响。
（八）抗菌药物对弱毒活菌苗的作用，抗病毒药对弱毒疫苗的影响 一些人在接种弱毒活菌苗期间，例如接种禽霍乱弱毒菌苗时在饲料或饮水中加入抗菌药物，就会明显影响菌苗的免疫效果；在接种病毒疫苗期间使用抗病毒药物，如病毒唑、病毒灵等也可能影响疫苗的免疫效果。
（九）免疫缺陷 禽群内某些个体的r-球蛋白、免疫球蛋白A缺乏等免疫缺陷，对抗原的刺激不能产生正常的免疫应答，影响免疫效果。
（十）免疫麻痹 在一定限度内，抗体的产生随抗原的用量而增加，但抗原量过多，超过一定的限度，抗体的形成反而受到抑制，这种现象称为“免疫麻痹”。有些养鸡场超剂量多次注射免疫，这样可能引起机体的免疫麻痹，往往达不到预期的效果。
（十一）免疫抑制 受免疫抑制的机体在接种疫苗后，不能形成预期的免疫反应。免疫抑制的原因很多，例如，机体营养状况不佳，缺乏维生素E、C，缺锌、氯、钠，饥饿，缺水等；各种应激因素；机体健康状况不佳，鸡贫血因子病毒、传染性囊病病毒和马立克氏病病毒等感染。
（十二）幼禽免疫器官未成熟 一些在实验室内接种SPF鸡后产生很好免疫效果的疫苗，在接种幼龄禽群时，由于幼龄禽的免疫器官尚未完全成熟，免疫反应也不健全，所以往往不能获得坚强的免疫保护作用，这也常是幼龄禽易发生传染病的重要原因之一。
（十三）机体的非特异性免疫功能的失常 例如，皮肤或黏膜的损伤、血脑屏障、吞噬作用减弱等也会影响机体的总体免疫保护效果。
（十四）抗原的变异、超强毒株或新血清型的出现等 例如，由于超强毒力型的鸡传染性囊病病毒和马立克氏病病毒的出现，禽群接种一些常规疫苗后，往往未能有效抵抗超强毒株的感染。