1.1 采样新鲜
采样原则主要是样品新鲜、有代表性。尽量避免在发病后期采样。在不能确定发某种病的情况下，病料的选择要全面。如果从死亡动物尸体上采集样本要注意死亡时间：夏天应少于6h，冬天最长不能超过24h。
1.2 防污消毒
减少污染，做尸体剖检时，应将尸体浸泡在消毒液中，防止羽毛、皮屑飞扬对病料造成污染。
1.3 及时采样
尸体剖开腹腔时，应第一时间采集病料，因肠道和空气中的微生物都可能污染病料，难以确诊。
1.4 无菌操作
病料采集时，对采集病料的器械及容器必须提前消毒，以免对病料造成污染。
1.5 处理规范
采样、剖检完毕后对解剖场地及尸体要进行彻底消毒，不能造成二次散毒。病料采集后，应先存放于冰箱1-2小时后，再做微生物检验。
病料采集方法
2.1 组织和实质器官的采集
在选择样品采集部位时，最好采集病变和健康交界部位的组织或脏器。病料的采集必须采用无菌操作。剖开腹腔后，必须注意肠管的完整。如需进行细菌的分离培养，所采集的部位要保持其完整性，便于能够无菌分离。
组织样品
2.2 液体病料的采集
血液、胆汁、脓肿液、渗出物等液体病料，使用灭菌吸管或注射器，经烫烙部位吸取病变组织的液体，将病料注入灭菌的试管中，封口后送检。拭子的采集主要包括:
A：泄殖腔拭子（家禽）
B：拭子（家禽）
C：鼻拭子（家畜）
D：肛拭子（家畜）
E: 阴道拭子（家畜）
用无菌棉签伸入体腔内采集深部样品，进行细菌学、病毒学检测。
2.3 血清的采集方法
A: 用灭菌注射器自鸡的心脏或翅静脉采血2毫升，注入灭菌离心管中摆成斜面，待血液凝固血清析出后，将血清吸出注入另一个灭菌离心管中，备用。
B:猪的静脉和动脉不容易接触到,血样采集有一定难度。临床上为保证采血速度和采血量，主要采用颈静脉和前腔静脉采血。针对不同大小的猪应采用较合适的采血方法：仔猪或保育猪采用前腔静脉采血，母猪和中大猪采取耳静脉或颈静脉采血。
2.4肠道及肠内容的采集方法
A:肠道：选择病变明显部位的肠道，将内容物用灭菌生理盐水冲洗干净，然后将病料放入盛有灭菌的30%甘油盐水缓冲液中送检。亦可将肠管切开，用灭菌生理盐水冲洗干净，然后用烧红的手术刀片烫烙粘膜表面，将接种针插入粘膜层，取少量病料接种于培养基上。
B:肠内容：用烧红的手术刀片烫烙肠道浆膜层，将接种针插入肠道内，吸取少量肠内容，放入试管中或将带有肠内容的肠道两端扎紧，去掉其它部分送检。
2.5 皮肤及羽毛的采集
A:皮肤要选病变部位的边缘，采取少许放入灭菌试管中送检；
B:羽毛也要选病变明显部分，用灭菌的刀片刮取羽毛及根部的少许皮屑，放入灭菌的试管中送检；
C:孵化室的绒毛：用灭菌镊子采取出风口的绒毛3-5克，放入灭菌的试管中送检。